棚室栽培花卉，利用夏季7月上旬至8月下旬的高溫時段，對棚室進行消毒滅菌，是一個消滅病菌、殺滅蟲卵、清除雜草和改良棚室土壤的好方法。做好消毒滅菌工作能有效地防治花卉重茬病，具有操作簡便、污染少、成本低、效果好的優點。

　　整地施肥 將棚室土壤先進行一次翻耕，結合有機肥料一起施下，以便利用高溫殺死有機肥中的病菌，并且有機肥料還有提高地溫和維持地溫的作用。翻耕耙平后，再按照種植花卉的需要起壟或做成高低廂面，這樣可使地膜與地面之間形成一個小空間，有利于提高地溫，增強殺菌的作用。

　　灌水增濕 土壤含水量與消毒效果密切相關，含水量過高，不利于提高地溫；含水量過低，殺菌效果不佳，一般土壤含水量達到田間最大持水量的60%時效果最好。灌溉的水面以高于地面1厘米至2厘米為宜。

　　藥物處理 對已發生死苗現象的棚室，每畝可用死棵靈2公斤至3公斤與5公斤碳銨混合后，撒在地上深翻10厘米至15厘米，然后澆一次大水。對耕作層不足20厘米的地塊，土壤板結鹽漬化較重的棚室內，或已發生根結線蟲危害花卉的棚室，在進行消毒時應先進行深翻土壤30厘米至40厘米，然后撒上石灰氮和秸稈后，旋耕二遍，再起壟蓋地膜、灌水、密閉棚室。消毒時間從6月中旬至8月底，溫度越高，滅菌效果越好。在密閉棚室之前，還應噴施一次殺菌劑和殺蟲劑，以殺死躲在墻縫中的病菌和蟲害。

　　高溫滅菌 清理棚室后澆一遍透水，將棚膜重新扣上，利用晴好天氣密閉10天至15天，使棚內形成超高溫高濕環境，一般密封暴曬15天至20天，5厘米至10厘米深土壤溫度可達40℃至60℃，最高土溫能達到50℃至70℃，從而殺滅絕大部分的病菌與害蟲。如果每100平方米鋪施150公斤至200公斤稻草秸或麥稈、50公斤至75公斤豬牛糞與棚室土壤混合后效果會更好，因為這些秸稈在發酵過程中會釋放出大量熱量，地溫會更高，不僅起到滅菌殺蟲作用，而且能提高土壤肥力。大多數病菌一般不耐高溫，經過10多天的熱處理可被殺死，如花卉立枯病菌、疫病和菌核病等。但有些病菌如根腐病、根腫病和枯萎病菌等深根性土傳病害，因其分布土層深，必須處理30天至50天才能收到較好的效果。對這類花卉病害危害重的棚室，應適當延長悶棚時間。

　　悶后處理 高溫悶棚對不超過15厘米深的土壤效果最好，對超過20厘米深的土壤消毒效果較差。土壤消毒后最好不要再耕翻，即使耕翻也應局限于10厘米的深度，否則，會將下面土壤的病菌重新翻上來，發生再污染。高溫悶棚能大幅度降低田間的病菌密度，大大減少花卉發病的機會。對有根結線蟲的大棚，悶棚后在用底肥時，每畝可用阿維菌素有機肥或克線蛆菌有機肥400公斤，可以基本上消滅根結線蟲。