紅豆杉屬植物均為國家一級保護植物，紅豆杉屬植物的分類在中國－喜馬拉雅地區一直比較混亂，存在較大的爭議，認為這一地區主要分布有須彌紅豆杉、歐洲紅豆杉（T. baccata L.）和密葉紅豆杉（T. fuana Nan Li & R.R. Mill），種間關系不明確，該地區紅豆杉的種級地位存在較大的爭議。中國科學院昆明植物研究所高連明博士在國家基金青年基金項目的資助下，對須彌紅豆杉的譜系地理學進行了研究。主要研究進展如下：

　　1. 項目組通過對須彌紅豆杉的生存狀況及資源現狀的深入調查，發現人為因素可能是導致該物種瀕危的主要原因；

　　2. 通過對須彌紅豆杉43個居群815個個體進行了葉綠體trnL-F片段的測序與分析，共鑒定出29種葉綠體單倍型。譜系分析表明，須彌紅豆杉的單倍型具有顯著的生物地理結構(NST = 0.768， GST = 0.469， P < 0.01)。Network分析表明，29個葉綠體單倍型形成了橫斷山區和東喜馬拉雅地區2個譜系，兩個譜系分化的時間約為3.41-7.61Ma，與青藏高原的快速隆升密切相關。對單倍型的失配分析表明，橫斷山地區分布的居群在末世冰期后經歷過快速擴張和奠基者效應；而東喜馬拉雅地區分布的居群可能受第四紀的冰期和間冰的反復作用，經歷過多次收縮和擴張過程形成，可能存在多個不同的避難所；

　　3. 基于對須彌紅豆杉43個居群815個個體的9對SSR分子標記的群體遺傳學分析表明，須彌紅豆杉在物種水平上具有較高的遺傳多樣性，居群間的遺傳分化明顯（Fst=0.217， p<0.001）。單倍型數據分析形成的橫斷山和東喜馬拉雅2個譜系得到了SSR數據的支持，怒山山脈形成了2個譜系的天然的屏障，阻礙了它們間的基因流。綜合本項目的結果，提出了就地保護應該作為須彌紅豆杉的優先保護策略，遷地保護可作為就地保護的有效補充。

　　該項目構建了分布于歐亞地區紅豆杉屬植物的DNA條形碼物種鑒定數據庫，還篩選出了20對可用于須彌紅豆杉譜系地理學和保護遺傳學的SSR分子標記，同時還首次利用分子生物學的方法證明了紅豆杉屬植物線粒體的遺傳方式不是母系遺傳而是父系遺的結論。同時，發表了4篇SCI論文，培養了2名博士研究生。

　　本項目2010年度已經結題，在我所組織的國家基金項目結題驗收會中綜合評價為優秀。